今までこれをやって不具合が起こったことはほとんどありません。

ちょっと使ってるツールの機能がおかしくなったぐらいです。

でもそれも、セッティングし直せば簡単に戻る、程度のものでした。

必ずクリーンした時に引っ掛かるキーが「窓の手」のバックアップキー（？）です。

これを消すとエクスプローラーのフォルダ設定の表示が、デフォルトに戻ってしまいます。

もし、スキャンで設定がデフォルトになるようなものは

オプション　＞　レジストリクリーンアップ　＞　無視するリストの編集

ここにトラブルがあった奴を登録すると、スキャン除外になります。

こちらで、アンインストールしたソフトを探してチェックボックス入れて削除してください。
無い場合はエントリーは削除されています。
その後にクリーンアップすると、レジストリ内の掃除は終了です。
（RegCleanerは、全てバックアップが取れているので、
RegCleaner上から削除したものはバックアップタブから何時でも復元できます。）